במהלך שנות ה-70 התחיל משרד החינוך לקדם מדיניות של הפחתת הריכוזיות שלו במערכת החינוך הממלכתית והעברה של סמכויות חינוכיות וארגוניות לבתי הספר. חלק מזה התבטא בעידוד יוזמות חינוכיות בכל בית ספר ומתן מקום למעורבות של הורים מה שנקרא ארגון הורים או ועד הורים.
בשנת 1996 החל משרד החינוך להפעיל בבתי ספר יסודיים את שיטת הניהול העצמי אולם תקופה קצרה לאחר מכן זנח המשרד את הרעיון למרות שחלק מבתי הספר כבר התנהלו בשיטה זו.
רק בשנת 2010 קיבל המשרד החלטה מחודשת ליישם את תוכנית הניהול העצמי.
כיום התוכנית מיושמת על סמך החלטה שקיבלה הממשלה בשנת 2011 שלפיה התוכנית תחל לפעול כפיילוט בשנת הלימודים תשע"ב (2011 – 2012).
בשנת 2014 הכריז משרד החינוך על תוכנית לאומית ללמידה משמעותית ובמסגרתה נקבע כי בשנת הלימודים תשע"ה (2014 – 2015) תורחב תוכנית ניהול עצמי לכל בתי הספר היסודיים הרשמיים.
בשנת הלימודים תשע"ח פעלו המתכונת ניהול עצמי 1,767 מתוך 1,812 בתי ספר יסודיים.
נכון לכתיבת שורות אלו, בשנת לימודים זו (תשפ"א), כל בתי הספר היסודיים הרשמיים פועלים במתכונת ניהול עצמי.